Skalnik należy do najstarszych parafii na terenie południowej Polski. Założycielami parafii prawdopodobnie byli św. Cyryl i Metody. W X w. w Skalniku miał już istnieć drewniany kościół pod wezwaniem św. Klemensa. Kiedy książę morawski Świętopełk pod naciskiem niemieckim likwidował obrządek słowiański w swoim państwie, metodianie uciekali do Chorwacji, Słowenii, Bułgarii i Kraju Wiślan. I wtenczas z uchodzącymi prawdopodobnie z Nitry na Słowacji przybył do Skalnika obraz Matki Boskiej, który do dnia dzisiejszego znajduje się w kościele skalnickim. Obraz jest podobny do ikony jasnogórskiej, z cechami bizantyjskimi. Najświętsza Maria Panna była w nim czczona przez długie wieki jako Królowa Gór przez Polaków, Rusinów i Słowaków.
Za sprawą jej wizerunku podobno dokonywały się cuda, dlatego rozpoczęto starania o koronację obrazu. Korony poświęcił w 2002 r. papież Jan Paweł II, zaś sama uroczystość odbyła się 9 września 2007 r. Obraz ukoronowany został przez abp. Edwarda Nowaka w obecności bp. rzeszowskiego Kazimierza Górnego.
Kościół parafialny został wybudowany w latach 1909–1911, a konsekrowano go w 1912 r. Poprzednie dwa były drewniane. Podniesiony został w 1962 roku do rangi sanktuarium.
Odwiedzając go dzisiaj zobaczymy wiele zabytków sztuki sakralnej: kamienne chrzcielnice – siedemnastowieczną, stojąca na zewnątrz i szesnastowieczną – w środku kościoła; feretron – z jednej strony z wizerunkiem Marii Magdaleny z XVI w., z drugiej ozdobiony malowidłem Matki Boskiej Różańcowej i św. Dominika z przełomu XVIII i XIX w. oraz dwa dwustronne obrazy – na jednym znajduje się „Pokłon trzech króli” i „Święty Jakub Młodszy”, na drugim zaś nieznany artysta namalował „Nawiedzenie Najświętszej Marii Panny” i „Ecce homo”.