Życie duchowe mieszkańców Huty Polańskiej uzależnione było w XIX w. od dwóch parafii. Większość mieszkańców Huty była wyznania rzymskokatolickiego, lecz ze względu na odległość do Nowego Żmigrodu uczestniczyli w nabożeństwach unickich w pobliskiej Ciechani. Stąd na przełomie XIX i XX w. zrodził się pomysł, aby w Hucie Polańskiej powstał kościół. Pierwsza wzmianka o budowie tegoż kościoła pochodzi z 1902 r., kiedy to Jan Frankiewicz, jeden z mieszkańców wsi, zapisał pole pod budowę kościoła. Przez następne lata gromadzono na ten cel pieniądze i starano się o pozwolenie na budowę. Parafia w Hucie miała też obsługiwać pobliskie Polany, gdzie mieszkało sporo katolików pracujących w tartaku.
Budowę świątyni rozpoczęto po 8 sierpnia 1935 r. W ciągu miesiąca wykonano fundamenty oraz przygotowano kamienie do budowy kościoła. W 1938 r. stały już mury świątyni, a do połowy czerwca 1939 r. pokryto kościół blachą i wstawiono okna. Poświęcenie świątyni zaplanowano na pierwszą niedzielę września. Niestety nie doszło do tego z powodu wybuchu wojny. Wieś została spalona a kościół zniszczony dosyć poważnie podczas walk o Przełęcz Dukielską. Po wojnie zaczął popadać w coraz większą ruinę. W 1947 r. zabrano cudem ocalałe dzwony, których Niemcy nie skonfiskowali „na przetop”.
Ruiny kościoła przez kilkadziesiąt lat niszczały i coraz bardziej wpisywały się w krajobraz tej pustej doliny, opuszczonej przez mieszkańców. Zainteresował się nimi dopiero pod koniec lat 80-tych ks. Jan Delekta – ówczesny proboszcz parafii w Polanach. Odbudowę oficjalnie zakończono 8 listopada 1998 r. podczas odpustu ku czci św. Huberta. Biskup Kazimierz Górny poświęcił wmurowane przed wejściem tablice pamiątkowe. Faktycznie, po blisko 100 latach udało się poświęcić kościół, tyle że w Hucie Polańskiej już parafian prawie nie było.
Od 1998 r. w odbudowanym kościele odbywają się nabożeństwa odpustowe 2 razu w roku – pierwszy w pierwszą niedzielę lipca, ku czci patrona św. Jana z Dukli, natomiast drugi w listopadzie, w pierwszą niedzielę po Wszystkich Świętych.